休暇をとったことによって不利益扱いを受けることは、法の趣意に反するという考え方について、これと異なる注目される判決が最高裁から示された。これによると、判決は不利益扱いをすることは、「労基法第39条の精神に沿わないことは否定できない」としながらも、不利益扱いの効力について、「その趣旨、目的、労働者が失う経済的利益の程度、年次有給休暇の取得に対する事実上の抑止力の強弱等」を総合して、かならずしも無効とするわけにはいかないという判断である（沼津交通事件最高裁第2小法廷判決平5・6・25）（なおこれについて第一審は無効、第二審は有効）。このケースはタクシー会社が欠勤されると代替要員の手配が困難で稼働率が低下するので、それを回避するために、休暇をとらない者に皆勤手当を支給することにしたもので、手当額も大きな額でないことなどが理由とされた。
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